中国协和医科大学出版社由国家卫生计生委主管，隶属于中国医学科学院北京协和医学院，于1999年正式成立。中国协和医科大学出版社志在弘扬“协和”的科学精神、学术传统和道德风范，努力推出代表我国医学科学第一流水平的专著，为我国医学科学界顶尖人才及优秀学者服务，为培养中青年医学工作者服务，为提高全民健康水平服务，推动我国医药卫生事业的教学、科研、医疗工作的快速发展。
中国协和医科大学出版社立社的宗旨是以优秀的民族传统精神，组建具有活力的团队；以全球思维，把握医学发展脉搏；以创新精神，锻造协和文化财富；以现代企业思想，创造高效益的媒体；以专业品质，搭建高水平学术研究平台。
中国协和医科大学出版社秉承中国医学科学院及北京协和医学院优秀的学术传统，坚守学术创新和学术出版阵地，坚持社会公益事业与规范市场运作结合，坚持不断学术创新与满足读者需求结合，取得积极的社会效益，同时也保证经济效益逐年增长。出版社通过搭建高水平的学术研究平台，承接国家重点出版工程《中华医学百科全书》，召集全国各领域顶级专家，合力编研，铸炼出版精品。此外，中国医学科学院健康科普研究中心由出版社管理运营，研究健康科普手段及标准，推广健康科普知识，服务于我国政府和广大群众，为规范我国健康科普市场、推动我国健康科普发展、提高人民群众的科学意识和健康水平提供助力。
中国协和医科大学出版社多次荣获高校优秀出版社、全国良好出版社、卫生部“杰出科技著作突出贡献出版社”称号。并多次获得中国图书奖、国家图书奖、中华优秀出版物奖和中国人口文化奖等。《协和医生答疑丛书》荣获国家科学技术进步二等奖。
中国协和医科大学出版社始终以出版高品位、高质量的医学图书为己任，以“当医生要当好医生，当好医生就要读协和医书”的口号自我鞭策，铸造学术品牌，强化精品意识。近年来，出版社倾力打造的《国家执业医师资格考试》系列图书、如《医学生考试中常见错误与对策系列丛书》、《职称考试复习题系列》、《全国乡镇卫生院卫技人员培训》系列、《专科医师培训》系列等为广大医务人员掌握职业技能、获取职业资格起到了独有的作用，品牌既树，口碑相传。供医事管理部门制订政策参考的《国家卫生服务调查报告》系列、《中国公共卫生》系列、《中国人群死亡及其危险因素流行水平、趋势和分布》、《中国卫生统计年鉴》系列、《中国医药卫生科技发展报告》系列等提供了我国医疗领域重要数据。
中国协和医科大学出版社出版的高质量、高层次的医学专著已渐成规模，如《协和呼吸病学》、《协和血液病学》、《临床肿瘤学进展》、《中国人生理常数与健康状况调查报告》系列、《临床路径释义》系列、《胃肠急症学》、《分子核医学》、《干细胞与肿瘤》、《临床医疗护理常规》系列、《各科临床禁忌》系列、《医师效率手册》系列、《高级医师案头丛书》、《现代主治医生提高丛书》、《协和医生答疑丛书》、《外科手术学系列》、《诊断治疗学系列》、《护理学系列》、《肿瘤学系列》、《现代生物医学系列》等融权威性、指导性、实用性一炉，贡献于我国的学术积累和学科发展，使我社在医学科研和临床各界声望日隆。
此外，为配合深化教育改革、医学课程改革、教学模式改革和填补国内一些医学科学的学科空白，出版社在医学教学建设上也屡有创新。先后推出“国家级规划教材”的护理学本科教材、中医基础学科分化教材、预防医学及公共卫生专业教材，并与全国高等医学继续教育协助组联合推出临床医学及护理学“专升本”规划教材。
出版社还与美国、英国、日本、中国香港、中国台湾等国家和地区开展了卓有成效的合作，并引进出版欧美著名医学院校的教材影印版，其中多种被教育部列为国外优秀生命科学教材推荐使用。
