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《协和医学杂志》为综合性临床医学专业期刊，依托北京协和医院多学科综合优势和专家团队，报道我国专科临床医师及医学生广泛关注的临床医学、转化医学、药学及与医学有关等边缘学科的最新研究成果、工作进展及学术动态，旨在促进我国医学科学信息的交流，将《协和医学杂志》办成引领学术方向、倡导学术争鸣的高品位临床医学期刊。

数据库收录情况：

国内：中国科技核心期刊（中国科技论文统计源期刊）数据库、中国科学引文数据库（CSCD）、中文核心期刊要目总览、中文生物医学期刊文献数据库（CMCC）。本刊全文入编万方数据知识服务平台、中国期刊网和中国学术期刊网络出版总库（CNKI）、重庆维普数据库。

国外：荷兰《文摘与引文数据库》（Scopus）、瑞典开放存取期刊目录（DOAJ）、日本科学技术振兴机构文献数据库（JST）。

栏目设置：

主要栏目：述评、专家论坛、指南与共识、指南解读、论著、综述等。

特色栏目：疑难病与罕见病专栏、协和MDT、临床病例评析、临床伦理、医史钩沉、医学人文等。